Dalam proses pengembangan Gereja St Paulus Labuh Baru, beberapa umat mengharapkan agar anak-anak mereka dapat bersekolah di sekolah katolik. Namun, masalah yang timbul adalah transportasi menuju SD Santa Maria yang terletak di Jalan Ahmad Yani.
Untuk mengatasi hal ini, Bapak AM Nainggolan dan Bapak W E Tinambunan, yang mewakili umat St Paulus, mengajukan usulan kepada Pastor Aldo La Ruffa, SX.
Akhirnya, berkat kerjasama yang baik dan pemenuhan syarat-syarat yang diperlukan, Yayasan Proyoga mendukung pendirian sekolah baru dengan bangunan yang sederhana, menggunakan bahan dan material bekas dari aula SD Santa Maria yang dibongkar.
SD Santa Maria II berdiri sejak tahun 1981 dengan nama awal SD Santa Maria Jarak Jauh, dan pada saat itu jumlah muridnya sekitar 20 orang. Kepala sekolah masih tergabung dengan SD Santa Maria di Jalan Ahmad Yani, sementara kegiatan di SD Santa Maria II dipimpin oleh wakil kepala sekolah. Pada tahun kedua, jumlah murid meningkat sehingga jumlah lokal kelas peserta didik baru menjadi 3 kelas.
Pihak Dinas Pendidikan tingkat Kecamatan kala itu menganggap istilah “jarak jauh” kurang sesuai, sehingga Yayasan Prayoga Riau berusaha mendapatkan izin agar SD Santa Maria II dapat berdiri sebagai sekolah mandiri.
1996
Sekolah sudah berdiri sendiri dengan nama SD Santa Maria II setelah surat ijin operasional diterbitkan oleh Dinas Pendidikan Pekanbaru.
2002
Jumlah peserta didik sudah mencapai 700 orang dengan ondisi bangunan dan halaman sekolah sudah sangat tidak memadai dengan jumlah tersebut.
2007
SD Maria II dibangun dengan bangunan permanen dengan jumlah ruang kelas sebanyak 9 ruangan dan fasilitas penunjang lainnya.
KEPALASD SANTA MARIA II
Daftar kepala unit yang pernah menjabat dan yang saat ini menjabat: